O LaPAE (Laboratório de Processos Aquáticos e Ecológicos) se dedica às atividades de pesquisa, ensino e extensão universitária, voltadas à conservação dos ecossistemas aquáticos continentais e marinho-costeiros, utilizando peixes como organismos alvo. Neste sentido, as áreas de pesquisa se inserem na temática da ecofisiologia, ecologia e dinâmica da ictiofauna, com foco na interação entre os organismos aquáticos e os parâmetros ambientais, a influência de poluentes, a partir de estudos de alimentação, idade e microquímica em estruturas calcificadas, dentre outras métricas na ictiofauna, além de aspectos socioambientais da pesca artesanal. Na vertente da ecotoxicologia aquática, as pesquisas estão voltadas ao biomonitoramento e diagnóstico de ambientes aquáticos a partir do uso de biomarcadores e bioindicadores de contaminação ambiental, visando entender a influência de diferentes xenobióticos no metabolismo de organismos aquáticos bioindicadores.